上海高校比较语言学E-研究院通过网络系统组织国内外比较语言学的著名学者，建设东亚比较语言学的研究基地，开展东亚语言的历史比较与类型比较，为揭示东亚人群、文明、语言的起源与传播提供语言学的证据。研究院在世界语言的大背景下研究以汉语为中坚的东亚语言和方言的历史，研究汉语及其方言类型上的重要独特之处，以期构建能顾及汉语历史和方言、能与当代国际语言学主流沟通的汉语语音和语法理论，大大提升中国语言学的学术层次和国际影响。同时，研究院将联合有关高校与研究单位建设中国语言资源联盟，通过大规模的语言数据库、语言研究软件，充分与计算机科学、地理信息系统、分子人类学等学科结合，达到研究方法与工具的新突破。
上海高校比较语言学E-研究院实行首席研究员负责制，聘请星空体育·(china)官方网站潘悟云教授为首席研究员。聘请著名学者张斌、许宝华、孙宏开、戴庆厦、郑张尚芳、李如龙、王宁组成学术委员会。特聘研究员有陆丙甫（南昌大学）、江荻（中国社科院人类学与民族学研究所）、吴福祥（中国社科院语言研究所）、赵明鸣（中国社科院人类学与民族学研究所）、张谊生（星空体育·(china)官方网站）、张维佳（北京语言大学）、陈忠敏（浙江大学）、韦树关（广西民族大学）、刘民钢（星空体育·(china)官方网站）、辛世彪（海南大学）、蓝庆元（中国社科院人类学与民族学研究所）、陶寰（复旦大学）等。
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